Logiciels

Scientifiques

ABySS Assembleur de novo
ALLPATHS-LG Assembleur
Blast Outil d'alignement
Blat Outil d'alignement
Bowtie Alignement de reads sur référence
BWA Alignement de reads sur référence
CLC Assembleur de novo
COMSOL
dftb+
DSK Comptage de K-mers
Gromacs
Thetis
Molpro
GAA Outil de finishing
Gaussian
Jellyfish Comptage de K-mers
KmerGenie Estime la meilleure valeur de Kmer
Minia Assembleur
Mira Assembleur
Mix Fusion d'assemblages
Mummer Alignement
ngs-qc-toolkit Qualité de reads
OpenFOAM Utiliser OpenFOAM CFD
Opera Outil de scaffolding
PAGIT Package d'outils de finishing
Paraview, utiliser Paraview sur Avakas Logiciel open-source de visualisation scientifique et d'analyse des données
Quast Outil d'évaluation de la qualité pour l'assemblage de génomes
Vasp
SAMtools Outils pour manipuler le format d'alignement SAM
Snpeff
SPADES Assembleur
Vbhf
Gmap-gsnap
Tabix
Velvet Assembleur
Vcftools

N.B : Pour vérifier les versions installées de logiciels, vous pouvez utiliser la commande suivante ( voir Module),

 
user@avakas-frontend1 ~]$ module av 

si un logiciel est sous licence et qu'il appartient à un groupe d'utilisateurs, vous pouvez tester votre appartenance à l'aide de la commande groups :
 
user@avakas-frontend1 ~]$groups 

Utilitaires

Hwloc Portable Hardware Locality
Unison outil de synchronisation de fichiers
cmake outil pour générer des makefiles pour la compilation.
Irods integrated Rule-based Data System
torque-ssh2job outil permettant la connexion aux nœuds sur lesquels tourne le job
glite Distribution d'intergiciels développées dans le cadre de la grille (Grid middleware)
pciutils outil de configuration du bus PCI.
jobrsync outil de synchronisation des répertoires entre eux
torque-intel-mpi Torque + un patch pour spécifier le hostfile du nœud pour lancer un job avec la bibliothèque MPI sous intel
Java-jdk/oracle/64/ Java Packages, Java Kit Development
DIRAC Distributed Infrastructure with Remote Agent Control
Globus logiciel de calcul sur la grille

Généraux

  • Gnuplot
  • Perl
  • Python
  • R - avec le module "R".

Divers

  • Visualiseur pdf: evince