Utiliser la solution

Droit d'accès

Tout utilisateur du Mésocentre a accès à l'instance iRODS.
Cependant, il est indispensable de créer un mot de passe spécifique pour accéder à iRODS: Modifier-ou-créer-son-mot-de-passe-iRODS
Pour les nouveaux utilisateurs, il suffit de s'inscrire (via la procédure d'inscription du mésocentre): https://redmine.mcia.univ-bordeaux.fr/projects/cluster-avakas/wiki/Comptes_Utilisateurs

Les paramètres de connexion

Soit dans le fichier ~/.irods/.irodsEnv ou via une interface graphique, il faut à minima renseigner les informations suivantes:
  • irodsUserName : Nom d'utilisateur (identique à Avakas / Université de Bordeaux)
  • irodsHost : Le serveur central de la solution iRODS à utiliser ("icat0.mcia.univ-bordeaux.fr" pour le MCIA)
  • irodsPort : Port réseau (TCP) de la solution (1247 par défaut)
  • irodsZone : Zone iRODS à utiliser ("MCIA")
On peut aussi définir d'autre paramètre comme:
  • irodsDefResource : Ressource de stockage par défaut.
    Utiliser la ressource de stockage la plus proche de votre site en précisant la ressource par défaut.
    Les possibilités sont les suivantes (voir Organisation des Ressources)
    • siterg-ubx = Mésocentre de Calcul Intensif Aquitain (par défaut)
    • siterg-uppa = Université de Pau et des Pays de l'Adour
    • siterg-ism = Institut des Sciences Moléculaires
    • siterg-cbib = Centre de Bioinformatique de Bordeaux, site carreire de l'Université de Bordeaux
    • siterg-imb = Institut de Mathématiques de Bordeaux
    • siterg-ib = Institut Bergonié
  • irodsAuthScheme : système dauthentification à utiliser ("password" par défaut et pour le MCIA)
  • irodsAuthFileName : fichier utilisé pour stocker une version brouillé du mot de passe
  • autre: https://wiki.irods.org/index.php/user_environment

Par exemple pour l'utilisateur 'monsieurX' (fichier ~/.irods/.irodsEnv), cela donne:

# iRODS@MCIA
irodsHost 'icat0.mcia.univ-bordeaux.fr'
irodsPort 1247
irodsZone 'MCIA'
irodsUserName 'monsieurX'
irodsDefResource siterg-ubx
irodsAuthScheme password
irodsAuthFileName /home/monsieurX/.irods/.irodsA.mcia

Clients

Pour utiliser le système, il faut installer un client iRODS ou utiliser un client déjà installé, par exemple sur Avakas.
Quelques interfaces ou client utilisables avec iRODS: http://irods.org/post/irods-user-interfaces/

Ligne de commande

L'interface en ligne de commande est constituée des iCommands. On peut lire quelques commentaires en français ici.

Depuis le cluster de calcul Avakas

Les iCommands sont accessibles sur Avakas à travers un module d'environnement. En plus de donner accès aux commandes le module d'Avakas permet d'initialiser l'environnement de l'utilisateur afin de lui permettre d'utiliser l'infrastructure MCIA-iRODS.

Voici comment utiliser l'interface en ligne de commande:
  1. Charger le module irods.
    Il sera créé avec votre accord:
    - l'environnement pour utiliser l'iRODS du mésocentre (création du fichier @~/.irods/.irodsEnv)
    - la création d'un mot de passe propre à iRODS (obligatoire pour utiliser iRODS par la suite)
  2. Pour la première utilisation (et la première fois seulement), il faut initialiser son environnement via la commande iinit
  3. OK. Utiliser iRODS à l'aide des ICommands

Depuis le CBiB

La procédure est identique à celle d'Avakas (charger le module irods).

Depuis le serveur pyrene.univ-pau.fr de l'UPPA

Charger le module irods :
$ module load irods/mcia

Uniquement lors de la première utilisation de ce module :
  • Votre mot de passe MCIA vous sera demandé.
  • Vous serez invité à créer un mot de passe propre à iRODS (obligatoire pour utiliser iRODS par la suite).
  • En dernier lieu, vous devrez initialiser votre environnement via la commande iinit.

Installer l'interface en ligne de commande (iCommands) sur sa machine

Si les iCommands ne sont pas déjà installées sur votre machine (votre poste de travail ou votre portable), il faut suivre la procédure est détaillée ici

Client graphique

Brocoli

Une application graphique développée rien que pour vous! https://github.com/mesocentre-mcia/brocoli

Installation sous Linux avec droits d'administrateur:

pip install brocoli

Sans droits administrateur:
pip install brocoli --user

La configuration et l'utilisation sont décrites ici: https://github.com/mesocentre-mcia/brocoli

La configuration pour se connecter à l'instance iRODS du MCIA devrait ressembler à ceci:

Depuis l'UPPA, la configuration recommandée est la suivante :

Remarque : sur le cluster Pyrene de l'UPPA, brocoli est directement disponible en chargeant le module iRODS :

$ module load irods/mcia
$ brocoli &

iDrop (Windows, Linux, Mac)

Télécharger l'installateur du client "iDROP desktop" (idrop-installers-2.0.1-RC1): https://code.renci.org/gf/project/irodsidrop/frs/?action=FrsReleaseBrowse&frs_package_id=8
Nécessite java >= 1.7 (The version of the JVM must be at least 1.7).

Il est conseillé d'installer iDrop sur son poste de travail mais il peut aussi être utiliser via Avakas en utilisant le module "idrop".
Il faut évidemment avoir une session graphique ou activer le "X11 forwarding" via l'option -X ou -Y de ssh:

$ ssh -X username@avakas.mcia.univ-bordeaux.fr
$ module load idrop
$ iDrop

Lors de la première utilisation, iDrop demande la création d'un mot de passe. Il s'agit d'un mot de passe maître destiné à garder secrets les paramètres de connexion des différentes session iRODS configurées dans iDrop.

Il faut ensuite configurer une connexion pour accéder à MCIA-iRODS avec iDrop. Vous pouvez vous inspirer de la copie d'écran suivante:

Attention: le champ "default resource" dit être remplacé par la ressource à laquelle vous désirez connecter iDrop par défaut (en fonction de la proximité du client iDrop). Par exemple, si vous configurez iDrop pour Avakas, siterg-ubx est le bon choix. Par contre, si vous configurez un iDrop pour un poste client à l'UPPA, siterg-uppa sera plus indiqué.
Liste des ressources par défaut possibles: voir Organisation des Ressources ou Utiliser la solution

iDrop-web2 (interface Web)

La solution est aussi accessible via un navigateur: http://irods-web.mcia.univ-bordeaux.fr/

Interfaces de programmation

python-irodsclient

iRODS dispose d'une API Python. Bien que dévelopée pour iRODS v4, elle fonctionne avec la version 3 de MCIA-iRODS.

Site web: https://github.com/irods/python-irodsclient

Pour l'installer:

pip install python-irodsclient

Vous pouvez ajouter l'option "--user" pour une installation personnelle ou bien "--target=<path>" pour installer dans un répertoire précis.

Sur Avakas, l'API est disponible sous forme de module:

module load python-irodsclient

idrop-account-configure.png (10,269 ko) Pierre Gay, 15/10/2014 15:56

brocoli-connection-dialog.png (36,521 ko) Pierre Gay, 16/02/2018 14:04

brocoli-connection-dialog_uppa.png (24,022 ko) Marc Odunlami, 24/05/2018 17:20